Родился 4 июня 1970 г. в Москве. Крещен в младенчестве в московском храме Живоначальной Троицы на Воробьевых горах.
В 1978-1988 гг. обучался в средней школе № 752 г. Москвы.
В 1992 г. окончил Московскую духовную семинарию, в 2015 г. — Московскую духовную академию (заочно).
В 1992 г. поступил в Свято-Троицкую Сергиеву лавру.
28 декабря 1993 г. пострижен в монашество с именем Стефан в честь преподобного Стефана Махрищского (память 14/27 июля).
В 1993-1994 гг. нес послушание в Паломническом центре Троице-Сергиевой лавры, являясь в то же время помощником казначея.
6 мая 1994 г. Святейшим Патриархом Алексием II в Покровском Хотькове ставропигиальном монастыре рукоположен в сан иеродиакона.
19 июня 1994 г. Святейшим Патриархом Алексием II в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры рукоположен в сан иеромонаха.
В 1994-1997 гг. — келарь Троице-Сергиевой лавры, в 1998-2002 гг. — заместитель директора Патриаршего издательско-полиграфического центра, в 2002-2011 гг. — помощник благочинного Троице-Сергиевой лавры.
В 2003 г. возведен в сан игумена.
В 2010-2012 гг. — заместитель председателя Синодальной комиссии по делам монастырей.
Решением Священного Синода от 26 июля 2012 г. (журнал № 76) назначен на должность заместителя председателя Синодального отдела по монастырям и монашеству.
17 апреля 2015 г. за Литургией в Успенском соборе Троице-Сергиевой лавры Святейшим Патриархом Кириллом возведен в сан архимандрита.
Указом Святейшего Патриарха Кирилла от 13 марта 2019 г. назначен настоятелем московского Троицкого подворья Свято-Троицкой Сергиевой лавры.
Решением Священного Синода от 13 апреля 2021 года (журнал №24) назначен наместником мужского монастыря Нило-Столобенская пустынь, с сохранением за ним указанного послушания в Синодальном отделе.
Образование:
1992 г. — Московская духовная семинария.
2015 г. — Московская духовная академия (заочно).
Священноархимандритом монастыря Нило-Столобенская пустынь является митрополит Тверской и Кашинский Амвросий.