29 октября 1944 – 15 мая 1945
В миру Михаил Иванович Березин, родился в 1872 году в Тверской губернии.
В 1892 году окончил Тверскую духовную семинарию по I разряду, в 1897 году — Казанскую духовную академию, получил степень кандидата богословия с правом преподавания в семинарии.
Был рукоположен во священника и назначен надзирателем Тверской духовной семинарии.
С 1 ноября 1898 года — законоучитель и инспектор классов Тверского епархиального женского училища.
С 1 августа 1903 года — законоучитель Новороссийской мужской гимназии. Далее вновь продолжил пастырское служение в Тверской епархии.
С 2 ноября 1905 года — законоучитель Тверского коммерческого училища. С 2 ноября 1906 года — законоучитель Тверского городского училища. С 9 ноября 1908 года — законоучитель 2-го городского Тверского училища. С 23 марта 1909 года — настоятель церкви при Тверском кавалерийском юнкерском училище. С 20 марта 1914 года — преподаватель греческого языка в Тверской духовной семинарии. Возведён в сан протоиерея.
Последние годы перед хиротонией являлся настоятелем церкви в селе Троица Удомельского района Тверской области.
Овдовел.
26 октября 1944 года был пострижен в монашество с именем Рафаил. 29 октября того же года был хиротонисан во епископа Калининского и Великолуцкого. Хиротония прошла в Тверском собре «Белая Троица» — эта была единственная известная хиротония правящего тверского архиерея, состоявшаяся на Тверской земле.
31 января-2 февраля 1945 года участвовал в заседании Поместного Собора Русской Православной Церкви.
Скончался 15 мая 1945 года в городе Калинине (ныне Тверь) от рака печени. Отпевание и погребение совершил епископ Можайский Макарий (Даев).
Погребён на городском Николо-Малицком кладбище. Вместе с ним в одной могиле погребена Нина Александровна Березина (+ 2.VII.1944) — скорее всего его супруга, после кончины которой он и принял монашество.