1642 — 1654
В 1638 г. стал игуменом московского в честь Богоявления монастыря. В марте 1642 г., после кончины патриарха Московского и всея Руси Иоасафа I († 28 нояб. 1640), был одним из 6 кандидатов на Патриаршую кафедру, определенных царем Михаилом Феодоровичем (жребием был избран Иосиф, архимандрит Симонова Нового московского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря). 24 декабря 1642 г. Иона был хиротонисан во архиепископа Тверского и Кашинского. 28 сентября 1645 г. участвовал в венчании на царство Алексея Михайловича.
В 1649 г. по распоряжению патриарха Иосифа Иона вместе с игуменом московского Данилова монастыря Иоанном и архимандритом московского Андроникова монастыря Сильвестром свидетельствовал мощи св. княгини Анны Кашинской. Освидетельствование сопровождалось чудесами. Вероятно, архиерей участвовал и в переносе мощей святой в следующем году из деревянного Успенского собора в Кашине в каменную церковь Воскресения в присутствии царя Алексея Михайловича и Ростовского митрополита Варлаама II. 11 марта 1649 г. Иона участвовал в хиротонии Никона, архимандрита московского Новоспасского монастыря, во митрополита Новгородского и Великолуцкого.
Иона участвовал в Соборе 1649 г., постановившем вопреки требованиям «ревнителей благочестия» сохранить в приходских храмах практику одновременного пения несколько богослужебных текстов («многогласное пение»). 9 февраля 1651 г. Тверской архиепископ присутствовал в Москве на созванном царем Алексеем Михайловичем Соборе, где «многогласие» было запрещено и утверждено «единогласное пение». В литературе упоминается послание Ионы с запрещением работать и торговать в воскресные дни до 5 часов дня (изложение решений Собора 1647).
16 апреля 1654 г. в Тверь патриархом Никоном был поставлен преемник Ионы на кафедре — архиепископ Лаврентий.
